Tác giả bảo mật Michel E. Kabay đã từng thảo luận về những mối lo ngại về bảo mật của những quả trứng phục sinh vào năm 2000, cho rằng, trong khi việc đảm bảo chất lượng phần mềm yêu cầu rằng tất cả các mã đều phải được kiểm thử, trứng phục sinh chưa chắc đã được kiểm thử. Ông nói rằng, vì chúng có xu hướng được quá trình kiểm tra sản phẩm coi là những bí mật lập trình, một "quả bom lô-gích" cũng có thể vượt qua bài kiểm thử. Kabay khẳng định rằng điều này đã làm suy yếu Cơ sở tính toán tin cậy, một mô hình về phần cứng và phần mềm đáng tin cậy đã được thiết lập từ những năm 1980, và đem đến mối lo ngại rằng liệu các thông tin cá nhân và bí mật có bị lưu trữ hay không, vì chúng dễ bị thao túng và làm hư hại.[62]

Microsoft đã tạo ra một vài trong số những quả trứng phục sinh lớn và công phu nhất, chẳng hạn như những quả trong bộ Microsoft Office.[63] Vào năm 2005, Larry Osterman bên Microsoft đã thừa nhận những quả trứng phục sinh của Microsoft, và sự liên quan của ông trong việc phát triển một trong số chúng, nhưng lại mô tả điều này là "vô trách nhiệm", và viết rằng Bộ phận Hệ điều hành của công ty "có một chính sách 'no Easter Eggs' ̣('không Trứng phục sinh')" như là một phần của sáng kiến Điện toán Đáng tin cậy.[22]

Vào năm 2006, Douglas W. Jones dã nói rằng trong khi "một số trứng phục sinh có thẻ là những công cụ có chủ đích để phát hiện những bản sao bất hợp pháp, những quả khác lại là những ví dụ rõ ràng về những chức năng không được cấp phép đã qua mặt được các bài kiểm soát chất lượng tại nhà cung cấp". Trong khi bản thân những quả trứng phục sinh không hề có hại, vẫn có khả năng các phần mềm ác ý bị ẩn giấu theo những cách tương tự trong máy kiểm phiếu và các máy tính khác.[64]

Jamie Zawinski, một cộng tác viên cho Netscape Navigator, đã trả lời trong một bài phỏng vấn vào năm 1998 rằng những quả trứng phục sinh vô hại chỉ đặt lên một gánh nặng không đáng kể lên phần mềm được vận chuyển, và phục vụ mục đích quan trọng trong cải thiện năng suất bằng cách giữ cho các lập trình viên luôn vui vẻ.[65]